民國80年成立高雄海專澎湖分部，設(shè)水產(chǎn)養(yǎng)殖科，航運(yùn)管理科。民國82年增設(shè)觀光科，教學(xué)行政大樓正式啟用。民國83年增設(shè)資訊管理科、電訊工程科。民國84年正式獨(dú)立設(shè)校為國立澎湖海事管理?？茖W(xué)校。民國87年增設(shè)資訊工程科，實(shí)驗(yàn)大樓完工啟用。民國88年觀光科廢止，設(shè)立休閑事業(yè)管理科、餐旅管理科、應(yīng)用外語科。民國89年改制為國立澎湖技術(shù)學(xué)院，圖書資訊大樓完工使用。民國91年增設(shè)觀光學(xué)系、運(yùn)輸與物流管理學(xué)系、電子工程學(xué)系及食品科學(xué)系，電訊工程科改制為電信工程學(xué)系，資訊工程科改制為資訊工程學(xué)系。民國93年增設(shè)海洋運(yùn)動(dòng)與管理學(xué)系，體育管暨學(xué)生活動(dòng)中心完工啟用。民國94年改名為國立澎湖科技大學(xué)，電子工程學(xué)系改名電機(jī)工程學(xué)系、增設(shè)服務(wù)業(yè)經(jīng)營管理研究所。民國95年觀光學(xué)系與休閑事業(yè)管理學(xué)系合并為觀光休閑學(xué)系，海洋運(yùn)動(dòng)與管理學(xué)系改名為海洋運(yùn)動(dòng)與游憩學(xué)系，增設(shè)海洋創(chuàng)意研究所。民國96年教學(xué)大樓落成啟用；增設(shè)觀光休閑事業(yè)管理研究所、食品科學(xué)研究所（九十七年度招生）、電資研究所（九十七年度招生）。
