據(jù)說，今日的侯家巷一帶，早在元代即散居著不少農戶，他們以種瓜種菜為業(yè)，靠此糊口，維持生計。用現(xiàn)在的話說，是典型的城郊型農民。在這些瓜菜農中，以侯氏宗族人口最多，財力大，居住最集中，所以，便以侯氏之姓做了這個居住點的名稱，叫做侯家巷子。
明洪武初，國祚初定，被逐出長城的元朝殘余勢力，時刻圖謀南下。作為神京右臂的山西承宣布政使司的防務異常重要，山西的中樞——太原府被列為國家九邊重鎮(zhèn)之一。為加強太原的軍事防御力量，太祖朱元璋命令永平候謝成擴建太原城。于是，本是太原東郊的侯家巷子，被擴入城內，成為府城東南隅的一條街巷，其民戶則仍以種植和販賣瓜菜為業(yè)。
明嘉靖九年（1530年），山西按家副使陳講，在侯家巷西段的瓜菜地上（今市公安局所在地），辟建院舍，開辦了“晉陽書院”，召收城中學土、仕子講讀于此。未幾，更書院之名為“河汾書院”。于是，侯家巷之名隨著書院的興建而更改為“書院街”。
明代中葉，書院盛行于各府郡州治地，書院中“講學自由，議論朝政，裁量人物（評價官員好壞）”的“清議”之風風靡一時，對當時的社會風氣和吏制頗有影響。對此，朝廷權貴和地方高官，深懷妒嫉。萬歷帝朱翊鈞登基不久，便采納了執(zhí)政宰相張居正之奏疏，“詔毀天下書院”。太原的“河汾書院”，亦未能幸免，終于在萬歷七年（1579年），被廢止停辦。直至萬歷二十一年（1593年），魏元貞擔任山西巡撫時，才托詞以建“三立祠”為名，另建了實質上的“三立書院”，并遷址于右所街（今舊城街一帶）。
據(jù)地方史料記載，明萬歷之前，山西每三年舉行一次的鄉(xiāng)試，從沒有固定的地方，或在撫院——巡撫衙門，或在太原知府衙門。萬歷三十八年，山西提學使王三才，在三立祠新建考棚五十間，至此總算解決了晉省鄉(xiāng)試無定址的窘迫局面。
明清之際，太原多經(jīng)戰(zhàn)亂，及至清初三立書院已是頹廢不堪。清順治十七年（1660年），山西巡撫白如梅，在書院街河汾書院故址，新建院舍百余間，將三立書院由新建的滿城中遷去。雍正十一年（公元1733年），詔令各省省會設立書院，并撥銀千兩作創(chuàng)辦經(jīng)費。太原的三立書院遂由地方官辦，一躍成為國家創(chuàng)辦的晉省最高學府，復名晉陽書院。逮至乾隆十三年（1748年），山西巡撫唯泰擴建書院。乾隆十八年（1753年），新任巡撫胡寶（王泉），購得學院東面的（今太原師專）開闊空地新蓋講堂、書舍，并新建祀祭前明殉節(jié)巡撫的殿舍。乾隆二十九年（1764年），又一任巡撫再建學會四十余間以及奎星樓、大照壁等，晉陽書院發(fā)展到鼎盛，書院街成為太原名震一時的地方。不太長的街道兩頭，兩座氣宇軒昂的過街牌樓，端莊雄宏的書院大門，華麗儒雅的龍門照壁，高聳顯赫的奎星樓，以及絡繹不絕的學子名家……，大有“燈油將盡火更紅”之勢。
鴉片戰(zhàn)爭后，清政府日趨衰弱。庚子賠款后，山西地方賠款的50萬兩白銀之中，一部份被做為籌辦山西大學堂的基金。光緒二十九年（公元1903年），籌辦山西大學堂的機構，購得書院東段 200余畝瓜菜地和居民住宅（今太原師專校址），與晉陽書院和令德堂合并，成立山西大學堂。隨著晉陽書院的消亡，書院街的名稱亦重新被侯家巷取代，逐漸鮮為人知。而侯家巷的住戶們，也在這次山西大學堂建校中，大多遷出，所剩無幾。
如今的侯家巷，西段駐太原市公安局（原晉陽書院故址），東段為太原師范?？茖W校，西起五一廣場東北角，東至文津巷南口，全長 320余米，均寬14米左右，是太原市文化教育與居民住宅的混合區(qū)。
