清水河縣因境內有清水河而得名，地處內蒙古高原和黃土高原交接地帶，境內山地最多，灘川地甚少，整個地形是山、川、溝相間，山巒起伏，主要山脈有盤山、玉屏山、金蓋山、銀礦山、火石山、青龍洞山、饅頭山、蘆草山、紫金山。搖林溝自然保護區(qū)位于清水河縣東南部，野生動植物資源豐富，狐貍、獾、兔、狼、黃鼠、鷹、啄木鳥等常出沒于此。
