醫(yī)藥學(xué)院是拉卜楞寺培養(yǎng)藏族醫(yī)藥人員的專門機(jī)構(gòu)。 醫(yī)藥學(xué)院的僧人，除從事一般宗教活動(dòng)外，主要學(xué)習(xí)《四部醫(yī)典》和《藥王月診》、《晶珠本草》等著作。醫(yī)藥學(xué)院分初級(jí)、中級(jí)和高級(jí)三個(gè)學(xué)級(jí)。醫(yī)藥學(xué)院自成立以來，先后培養(yǎng)了大批的藏醫(yī)、藏藥人材。學(xué)院生產(chǎn)的“結(jié)白丸”、“九味沉香散”、“九味牛黃散”三種藥已被列入國家藥典，還有18種成藥單方被列入西北五?。▍^(qū)）地方成藥。目前拉卜楞寺設(shè)立了藏醫(yī)研究所。
