萬佛堂下有孔水洞，原為一巖溶洞穴，洞內(nèi)有泉，水勢(shì)洶涌。洞壁存有陪大業(yè)十年（614年）刻經(jīng)和隋唐時(shí)代雕像?？探?jīng)大部溺于水中。
孔水洞由人工砌成高大的券口，是天然溶洞，洞內(nèi)有泉，可乘舟駛?cè)搿?離洞口不遠(yuǎn)的石壁上有隋唐時(shí)代的造像和刻經(jīng)。造像高1米，寬2.5米，依巖開鑿，總計(jì)6尊，與云崗、龍門石窟相似。1982年該洞一度干涸，曾出土動(dòng)物化石、鐵器和7條唐代金龍。萬佛堂孔水洞的兩翼各有一座塔，左翼是小龕密布的花塔，遼代創(chuàng)建，通高約20米。右翼名叫“齡公和尚舍利塔”，創(chuàng)建于元代，為八角形七級(jí)密檐式，通高約18米。萬佛堂孔水洞是房山石經(jīng)早期刻經(jīng)地點(diǎn)之一，在 “房山石經(jīng)學(xué)”方面占有重要位置。為北京市級(jí)重點(diǎn)保護(hù)文物。
